Timur Lenk meninggal pada 1405 M, dan kematiannya membuat kekaisarannya runtuh, sekaligus membuat Mongol kehilangan kendali atas India. Para pemimpin Muslim di India pun mendirikan negara-negara kecil di India utara. Akan tetapi, beberapa puluh tahun kemudian, Mongol kembali menyerbu India dan mendirikan suatu kerajaan di sana. Kerajaan ini yang disebut Kekaisaran Mughal.
Kaisar Mughal pertama adalah seorang Muslim bernama Babur. Babur awalnya memerintah Kabul (di Afghanistan modern), dan pada 1504 M ia memutuskan untuk menaklukan kembali wilayah bekas Timur Lenk di India utara. Pada 1526 M, Babur menggunakan senjata bubuk mesiunya dan berhasil menaklukan Delhi. Babur menguasai wilayah yang amat luas, berbatasan dengan Kekaisaran Ming di timur (Tiongkok), dan Dinasti Safawiyah di barat (Iran).
Setelah Babur meninggal pada 1530 M, putranya Humayun naik tahta. Akan tetapi, rakyat India melakukan pemberontakan sehingga ia harus bersembunyi ke istana Safawiya. Ketika telah mulai memperoleh kembali kekuasaannya, Humayun meninggal pada 1545 M. Setelah itu jenderalnya Bairam Khan dan jandanya, Hamida Banu, berkuasa atas nama putra Humayun, Akbar, yang baru berusia 13 tahun. Pada 1560 M Akbar tumbuh dewasa, dan ia bersama ibunya mengambil alih kekuasaan. Akbar berhasil membawa Kekaisaran Mughal menguasai wilayah yang amat luas, meliputi kawasan yang kini menjadi India, Pakistan, Afghanistan, dan Bangladesh. Hamida meninggal pada 1604 M sedangkan Akbar setahun kemudian.
Putra Akbar, Jahangir, naik tahta pada 1605 M, meskipun sebenarnya kekuasaan mungkin lebih dipegang oleh istrinya Nur Jahan. Pada masa ini, Mughal kehilangan kota Kandahar (di Afghanistan selatan) akibat direbut oleh Safawiyah. Ini membuat Mughal kehilangan kendali atas Jalur Sutra di Asia Tengah. Meskipun demikian, Nur Jahan berhasil memimpin Mughal merebut lebih banyak wilayah di India utara. Pada 1613 M, para pelaut Portugal menangkap sebuah kapal Mughal yang mengangkut para peziarah Muslim yang hendak melaksnakan hji ke Mekah. Peristiwa ini membuat Nur Jahan menangkapi semua pedagang Portugal di Mughal, serta menyita gereja-gereja Yesuit.
Menjelang akhir hidupnya dalam keadaan sakit, Nur Jahan mengedarkan koin dengan namanya. Ia juga berupaya menjalin persekutuan dengan ratu Utsmaniyah Kosem Sultan dan dengan suku Uzbek untuk melawan musuhnya, Safawiyah, Akan tetapi, Jahangir meninggal pada 1627 M sebelum serangan sempat dilakukan.
Jahangir digantikan oleh putra ketiganya, Syah Jahan, yang langsung mengurung ibu tirinya Nur Jahan supaya ia dapat berkuasa seorang diri. Syah Jahan menikahi keponakan Nur Jahan, Mumtaz Mahal. Mereka amat dekat dan memiliki empat belas anak. Selama pemerintahannya, Syah Jahan sibuk menghadapi berbagai ancaman terhadap Kekaisaran Mughal, di antaranya pemberontakan Sikh, para pedagang Portugal dan Britania, dan para pendeta Yesuit. Ia juga merebut kembali Kandahar dari Safawiyah. Mumtaz Mahal meninggal ketika melahirkan anak terakhirnya pada 1631 M. Untuk mengenang istrinya, Syah Jahan membangun Taj Mahal yang berisi makam Mumtaz Mahal.
Pada 1668 M, putra ketiga Syah Jahan, Aurangzeb, meerebut tahta Mughal dari ayahnya. Aurangzeb berupaya melakukan sentralisasi kekuasaan dan mengendalikan lebih banyak urusan kekaisaran daripada para pendahulunya. Aurangzeb juga membatasi kebebasan bergama dan menyatakan bahwa Islam adalah satu-satunya agama yang boleh dianut oleh rakyatnya. Pada masa pemerintahannya, Aurangzeb berhasil menaklukan sebagian besar India selatan, membuat Mughal mencapai wilayah terluasnya.
Aurangzeb meninggal pada 1707 M dalam usia 88 tahun. Ia digantikan oleh putranya, Bahadur, yang saat itu berusia 63 tahun. Bahadur hanya memerintah selama lima tahun sebelum meninggal. Setelah itu, Kekaisaran Mughal mengalami perpecahan karena banyak wilayahnya yang memisahkan diri. Kekaisaran Maratha, yang dikuasai oleh orang Hindu, di India tengah, perlahan-lahan menyebar hingga menguasai sebagian besar India. Orang Sikh juga mendirikan negaranya sendiri, yang disebut Kekaisaran Sikh, di Punjab di India timur laut. Lama-kelamaan Kekaisaran Mughal pun tak lagi dianggap penting.
Pada 1739 M, pemimin Iran Nader Syah menyadari bahwa Mughal telah menjadi amat lemah. Ia pun menyerbu India dan menjarah Delhi, merampok berton-ton emas dan harta. Nader Syah tidak lama menguasai India, namun tindakannya membuat para pedagang Britania menyadari betapa lemahnya Mughal. Setelah itu Afghanistan, di bawah Ahmed Syah Durrani, melakukan perluasan ke selatan untuk menguasai seluruh Lembah Indus (Pakistan modern). Ini membuat pasukan Britania cemas bahwa perdagangan mereka dengan India, yang menghasilkan keuntungan amat besar, akan terganggu oleh negara-negara kecil dan baru ini. Akhirnya, Britania pun melancarkan serangan untuk menaklukan India.
